No Código Civil, existem muitas diferenças entre os dois termos, tanto sobre a definição quanto em relação a direitos e deveres. O termo pessoa física se refere a um indivíduo concreto, um ser humano. No caso do produtor rural, isso significa que é simplesmente alguém que possui um lote de terras e nele, realiza uma produção em pequena escala, para um público pequeno.

Já a pessoa jurídica representa um sujeito abstrato, como as empresas, as associações, as fundações, as igrejas, as administrações públicas, dentre vários outros. Aqueles que optam por pessoa jurídica é quem se enquadra nesse segmento como uma empresa, fornecendo produtos a consumidores reais, que pagam pelo que é feito. Nesse caso, as obrigações fiscais desse produtor são um pouco mais complexas.

A manutenção do negócio por meio de pessoa física tem a vantagem de ser menos burocrática, e pode ser a melhor indicação para o produtor rural com baixo faturamento.

A desvantagem nesse caso é que esse produtor não poderá adquirir certos tipos de produtos de fornecedores. Já que esses somente vendem para quem possui um CNPJ (Cadastro Nacional de Pessoa Jurídica). Ou seja, é menos trabalhoso atuar como pessoa física, mas não existem muitos incentivos para quem deseja tornar isso um negócio lucrativo.

Como vantagens da constituição de uma pessoa jurídica no agronegócio, tem-se: alíquota de impostos menores; linhas de crédito maiores; maiores ofertas de produtos; maiores mercados para comercialização; compensação de créditos de impostos pagos indiretamente, quando da aquisição de insumos. Com os referidos benefícios, o produtor rural pessoa jurídica poderá maximizar os seus resultados, alcançando um lucro maior, e por conseguinte, a expansão do seu negócio.

Quem opta por atuar como produtor rural pessoa jurídica tem acesso a muitos benefícios que ajudam no crescimento do seu negócio. Entretanto, como desvantagem, as obrigações fiscais de um produtor rural pessoa jurídica são mais complexas, e resolver qualquer processo exigirá muita burocracia e tempo do profissional.